„Unser Urauftrag“ nennt Abt Michael von Münsterscharzach die Aufnahme von Flüchtlingen. Um der Not der zahlreichen Flüchtlinge in Deutschland abzuhelfen, stellen die Klöster der Missionsbenediktiner nun Teile ihrer Klosteranlagen zur Verfügung: in Münsterschwarzach wurde ein leerstehendes Internat auf Kosten des Klosters saniert. Dort können 22 Flüchtlinge einziehen. In St. Ottilien soll im Februar 2015 eine ähnliche Anzahl in einem eigenen Gebäude unterkommen. Die Abtei St. Georgenberg in Tirol beherbergt seit einigen Jahren Minderjährige, die ohne Eltern in Europa angelangt sind. Die Klöster entsprechen damit auch einem Wunsch von Papst Franziskus, der schon kurz nach seiner Amsünbernahme mahnte, Kirchengebäude für Menschen zu öffnen, die ihre Heimat verloren haben.
